Вариантов много. Главное, что работник согласен и вы соблюли процедуру взыскания. Иначе сотрудник пойдет в суд. Заплатите штрафы за нарушение трудового законодательства.
Например, компания заплатит 100 тысяч рублей, а руководителя отстранят от руководящих должностей на три года. Сверх этого вернете работнику то, что удержали незаконно.